理由
として考えられるのが、jsのバッティングだと思われるので、
バッティングしていても大丈夫と書いてあるこのライブラリを試してみることにします。
df Smooth Scroll
http://www.dezinerfolio.com/2007/08/08/df-javascript-smooth-scroll/
参考記事
http://ascii.jp/elem/000/000/182/182839/index-2.html
ただ、挙動が多少気に入らないところはありますが。。。
でも贅沢は言ってられないですね。